Son absorption dans l’organisme nécessite la présence d'acide chlorhydrique et l’association à une substance fabriquée par l'estomac (le facteur intrinsèque). Elle est ensuite stockée par au niveau du foie, du pancréas, du cœur et du cerveau. Compte tenu de ses réserves, une carence en vitamine B12 peut n’apparaître qu’au bout d’un certain temps. Elle s’observe le plus souvent chez des personnes qui suivent un régime végétalien, souffrent de maladies chroniques de l’intestin, qui ont subi une chirurgie bariatrique (problème de malabsorption), en cas d’anémie pernicieuse (une maladie immunitaire) ou chez les personnes âgées en raison d’une absorption intestinale réduite.
Une carence se traduit par différents symptômes tels qu’une anémie, des fourmillements dans les pieds et les mains, une constipation entrecoupée de diarrhées ou une perte de poids. Une insuffisance d’apport provoque une anémie, des troubles de l’humeur et, chez les personnes âgées, des troubles du raisonnement et de la mémoire.
La vitamine B12, même à hautes doses, ne semble présenter aucun risque. De très hautes doses pourraient aggraver l'acné, donc prudence chez les adolescentes.
La dose journalière recommandée chez la femme est de 0,4 μg/jour. Elle doit cependant être augmentée à 0,45 μg/jour chez la femme enceinte et à 0,5 μg/jour durant l’allaitement
